Γεννήθηκε στη Λάστρο το 1878. Ορφανός πατρός από την ηλικία των 4 ετών, τον μεγάλωσε εξ ολοκλήρου η μητέρα του, Μαρία. Ολοκλήρωσε το Γυμνάσιο το 1894, και αφού εργάστηκε ως δάσκαλος στο Ελληνικό Σχολείο Σητείας, σπούδασε Ιατρική στην Αθήνα ως το 1900.
Έλαβε μέρος στην Επανάσταση της Κρήτης το 1897 και πολύ αργότερα πολέμησε στους Βαλκανικούς Πολέμους του 1912-13 με το βαθμό του Υπιάτρου Υγειονομικού. Από το 1915 ως το 1916 ήταν χειρουργός του μοναδικού στρατιωτικού νοσοκομείου της Θεσσαλονίκης. Αργότερα πρόσφερε υπηρεσίες και στο 4ο στρατιωτικό νοσοκομείο Αθηνών, όπως και στο υπουργείο Στρατιωτικών.
Ο Μιχαήλ Καταπότης ήταν εκδότης του περιοδικού “Μύσων” από το 1932 ως το 1938, στο οποίο κατά τη δεκαετία του ‘ 30 δημοσιεύτηκαν φωτογραφίες από το λεπροκομείο της Σπιναλόγκας.
Ο γιος του (από τον πρώτο γάμο του με τη Δέσποινα Ρουσελάκη), Γεώργιος Μ. Καταπότης (1917- 1η Ιουλίου 2011) ήταν ποιητής και διετέλεσε Δήμαρχος Σητείας. Το 1941 παντρεύτηκε την Καλλιόπη Κουρουπάκη (δεύτερος γάμος).
